Durante la Baja Edad Media, la Iglesia experimentó un movimiento de reforma conocido como las Reformas Gregorianas. Este movimiento buscaba eliminar la simonía y el matrimonio de los clérigos, promover la elección canónica de obispos y reforzar la autoridad papal sobre la Iglesia universal.
La Iglesia durante la Baja Edad Media
Ante el desarrollo urbano la Iglesia tuvo que adaptarse mediante nuevos mecanismos institucionales como las nuevas órdenes religiosas. Así mismo, la Iglesia planteó nuevos problemas éticos al insertarse a un medio de crecientes contrastes entre el exceso de riqueza de la burguesía y la miseria extrema del pueblo, dando lugar a nuevos doctrinas como las del Purgatorio y a la creencia en las indulgencias. Esta nueva realidad social generó cuestionamientos a la doctrina tradicional de la Iglesia desde los nuevos sectores intelectuales formados en las escuelas y universidades laicas.
Nuevas órdenes religiosas
Las nuevas órdenes religiosas creadas en el siglo XIII para responder estos cuestionamientos fueron los franciscanos, creada por San Francisco de Asis, y los dominicos, creada por Santo Domingo de Guzmán. Estas fueron órdenes mendicantes, ya que se basaron en el voto de pobreza que no les permitía tener propiedades ni riquezas, y por tanto vivían de las limosnas y donaciones.
Sus conventos se construyeron en las ciudades y se dedicaron a la evangelización de la población, en especial los franciscanos que predicaron según las enseñanzas de amor y humildades de su fundador. Los dominicos también asumieron el estudio de la teología, adaptándola a la nueva realidad urbana, mediante las escuelas y universidades, con sus sabios como San Alberto Magno o Santo Tomás de Aquino en el siglo XIII. Pero también se dedicaron al control y represión religiosa mediante el Tribunal de la Inquisición.
Construcción de iglesias
En cada ciudad la burguesía, junto a la jerarquía eclesiástica, promovió la construcción de nuevas iglesias, destinadas a la evangelización masiva de la creciente población urbana, estas nuevas catedrales se encuentran dentro del estilo gótico.
Cisma de Occidente (1378-1417)
La Iglesia también enfrentó desafíos significativos, como el Cisma de Occidente (1378-1417), durante el cual hubo dos y luego tres papas rivales, cada uno con su propio grupo de seguidores. Este período de división causó confusión y debilitó temporalmente la autoridad papal.