El segundo gobierno de Fujimori inició en 1995 y se extendió hasta el 2000. Este periodo sería remecido en diciembre de 1996, cuando un comando del Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA) asaltó la Embajada japonesa en Lima reteniendo a una gran cantidad de rehenes (importantes personajes de la política peruana) para solicitar a cambio de su liberación la de los presos pertenecientes a la organización.
Segundo gobierno de Alberto Fujimori Fujimori (1995-2000)
El 5 de abril de 1992 se interrumpió la constitucionalidad del régimen democrático con el autogolpe del presidente Fujimori quien anuncio el cierre temporal del Congreso, Poder Judicial, Consejo Nacional de la Magistratura, Tribunal de Garantías Constitucionales entre otros; instaurando el llamado Gobierno de Emergencia y Reconstrucción Nacional.
En 1995 Alberto Fujimori ganó la reelección con un 64% de votos, frente a Javier Pérez de Cuella, candidato por Unión por el Perú (UPP).
Reeleción de Alberto Fujimori
Contando con una mayoria en el congreso pudo sacar adelante una ley llamada de «interpretación autentica» que certificaba que el entonces presidente había servido sólo un período bajo la nueva Constitución haciendo legalmente la reelección, iniciaba así oficialmente el segundo gobierno de Fujimori.
Operación Chavin de Huantar
Durante el segundo gobierno de Fujimori se produjo, a mediados de diciembre de 1996 la toma de 72 rehenes en la Embajada de Japón en Lima. Esta acción, realizada por el MRTA, terminó cuatro meses después con la intervención de un comando militar en la llamada operación Chavin de Huantar.
Fenómeno de «El Niño» de 1997-1998
Otro acontecimiento importante del segundo gobierno de Fujimori fue el fenómeno de «El Niño» entre 1997 y 1998, que sumado a los efectos de la «Crisis Asiática», repercutieron negativamante en el Perú, puesto que agudizaron la recesión económica que ya afectaba al país.
Derrota política de Alberto Fujimori
El triunfo de Alberto Andrade (Somos Perú) en las elecciones municipales de 1998 mostró que el gobierno fujimorista había perdido el apoyo político que durante gran parte de sus primeros siete años de mandato había gozado.
Vladivideos
Paralelamente a este proceso de desgaste político y social el segundo gobierno de Fujimori fue estrechando cada vez más sus vínculos con as FF. AA. y el SIN con la complicidad de Vladimiro Montesinos, con la finalidad de ser el soporte político del gobierno.
Aparición de Alejandro Toledo
En el primer semestre del 2000, el segundo gobierno de Fujimori realizó una intensa campaña destinada a lograr ganar las elecciones. Luego de afrontar numerosas acusaciones de fraude electoral y enfrentando la competencia de Alejandro Toledo, candidato del partido Perú Posible, el partido gobiernista Perú 2000, gana las elecciones en segunda vuelta y Fujimori inicia su tercer mandato consecutivo.
Caída del segundo gobierno de Alberto Fujimori
Durante el segundo semestre del 2000 se desencadenaron una serie de acontecimientos que terminarían con el régimen de Fujimori. Luego de asumir la presidencia, el régimen enfrenta una fuerte oposición encabezada por Toledo e integrada por diversos sectores de la sociedad civil (jóvenes estudiantes, organizaciones populares, gremios laborales, etc.) y partidos políticos. A esto se sumó la presión internacional por parte de instituciones internacionales y el propio gobierno de los Estados Unidos a través de su Secretaria de Estado, Madeleine Albright.
Video «Kuori-Montesinos»
Finalmente, la corrupción del régimen puesta de manifiesto con la visulización del video «Kuori-Montesinos», vino a desencadenar el proceso de caída del régimen. Fujimori convoca a elecciones presidenciales a llevarse a cabo en el 2001. Incluso se comprometió a supervisar la transición democrática.
Gobierno Transitorio
Valentín Paniagua Corazao fue elegido presidente transitorio, luego de la caída del gobierno de Alberto Fujimori.
En 2000, Valentín Paniagua fue electo Congresista con una votación modesta y en octubre de ese año fue elegido Presidente del Congreso, tras la destitución de Martha Hildebrandt. Además, en ese mismo año, Alberto Fujimori renunció por fax desde Japón; pero el congreso no lo aceptó y lo destituyó, de tal manera que por ser el tercero en la línea de sucesión presidencial, Valentín Paniagua asumió como Presidente Constitucional de la República para un mandato de transición que garantizara la transparencia de nuevas elecciones generales.