El 21 de mayo de 1879 se produce el combate de Iquique, uno de los episodios más tristes de la Guerra del Pacífico, el Perú pierde a su mejor embarcación: «la Independencia».
El Huáscar y la Independencia tenían la orden de desbloquear el Puerto de Antofagasta, es así como el Huáscar, al mando del almirante Miguel Grau, hunde a la Esmeralda al mando de Arturo Pratt.
En cuanto a la Covadonga chilena, al mando de Carlos Condell, huyó del teatro de operaciones, estaba perseguida por la Independencia, al mando de Guillermo More. La fragata peruana encalló en un bajo que no estaba marcado en las cartas de navegación provocando su perdida para la escuadra nacional.
Naves de la escuadra chilena
Durante la Guerra del Pacífico la escuadra chilena contaba con naves modernas. Entre ellas dos acorazados («Cochrane» y «Blanco Encalada»), dos cobertas («Chacabuco» y «O’Higgins»), cuatro buques de madera «Esmeralda», «Covadonga», «Magallanes» y «Abtao») y dos transportes a vapor (Rimac» y «Matías Cousiño»). La oficialidad de esta escuadra, al mando de William Rebolledo, había recibido instrucción en el extranjero.
Naves de la escuadra peruana
El Perú tenía una escuadra naval más antigua y menos cuantiosa que la chilena. Las unidades más nuevas eran la fragata blindada «Independencia» y la corbeta de madera «Unión». Además del monitor blindado «Huáscar» y la cañonera «Pilcomayo», la escuadra estaba integrada por naves viejas, los monitores «Atahualpa» y «Manco Cápac» y los transportes «Limeña» y «Oroya».
Combate de Iquique
La superioridad de las fuerzas de mar chilenas se manifestó en lo moderno de sus naves, en el mayor tonelaje, su cantidad y en el alcance de su artillería. Iniciada la guerra, el presidente Mariano Ignacio Prado decidió conducir personalmente las operaciones desde Arica.
Pérdida de la “Independencia»
La escuadra chilena había bloqueado el puerto peruano de Iquique, incendiado Pisagua y bombardeado Moliendo. Ante esta situación, el monitor «Huáscar» y la fragata «Independencia» avanzaron hasta Iquique. Al amanecer del 21 de mayo de 1879 se inició el combate frente a Iquique.
El «Huáscar» se enfrentó al «Esmeralda», en tanto que la «Independencia» lo hizo con la «Covadonga». Ahí se produjo el accidente de nuestra mejor y más moderna nave: la «independencia» encalló en Punta Gruesa, hundiéndose prácticamente al iniciarse la guerra.
El resultado de ese día en Iquique y Punta Gruesa caló hondo en la opinión pública de ambos países. Le dieron una victoria pírrica al Perú: el bloqueo del puerto de Iquique fue levantado y las naves chilenas fueron hundidas o abandonaron el área. Sin embargo, la escuadra peruana perdió a la mayor nave de la escuadra de la marina de guerra del Perú, lo que representó un golpe irreparable para ésta.
Las correrías del Huascar
Pese a su inferioridad técnica, el Huáscar mantuvo en jaque a toda la escuadra chilena durante 6 meses en las que capturó transportes chilenos, cortó algunas vías de comunicación y evitó con su velocidad a los blindados chilenos. El punto culminante de las correrías del Huáscar fue la captura del vapor Rímac con el regimiento de caballería Carabineros de Yungay a bordo, el 23 de julio de 1879. Este hecho causó una crisis en el gobierno chileno que provocó la renovación del mando de la armada chilena.
Finalmente, el 8 de octubre de 1879 se encontraron los buques peruanos Huáscar y Unión con los buques chilenos Cochrane, Blanco Encalada, Loa y Covadonga en el decisivo combate naval de Angamos.