Tras la muerte de Gamarra estalló un periodo de gran inestabilidad política conocido como la Anarquía militar (1841-1845).
Fin del segundo gobierno de Agustín Gamarra
En julio de 1840, el Mariscal Gamarra dejó de ser presidente provisional para convertirse en presidente constitucional según la nueva carta magna de 1839, la cual era conservadora, autoritaria y centralista pese a haber sido dada en Huancayo. Inmediatamente Gamarra preparó su campaña contra Bolivia.
Muerte de Gamarra
La aventura tuvo un final desafortunado. Las fuerzas militares y políticas bolivianas se unieron contra la invasión peruana que alcanzó La Paz el 15 de octubre de 1841. El 18 de noviembre en la hacienda Ingavi se produjo un enfrentamiento entre ambos ejércitos. La muerte del presidente Gamarra durante la batalla puso punto final a la ambición peruana (y personal de Gamarra) por controlar la política boliviana. En Ingavi se aseguró la libertad y la soberanía de Bolivia. La paz llegó con la firma del Tratado de Puno el 7 de junio de 1842.
Anarquía militar (1841-1845)
A la muerte de Agustín Gamarra volvió a desatarse el caudillismo militar. Antonio Gutiérrez de la Fuente, Rufino Torrico, Francisco Vidal, Domingo Nieto y Manuel Ignacio de Vivanco protagonizaron guerras civiles y lo único que lograron fue sumir al país en la miseria. Este rebrote caudillesco tuvo su punto culminante con el triunfo de Vivanco sobre sus adversarios, estableciendo un gobierno conservador y autoritario denominado el Directorio (1843).
El Directorio (1843-1844)
En 1843 Manuel Ignacio de Vivanco Iturralde se sublevó contra Vidal y se hizo con el poder con el título de «Supremo Director de la República». El Directorio es conocido por ser un periodo conservador y autoritario.
Asenso de Ramón Castilla
Castilla derrotaría a Vivanco en Carmen Alto el 17 de julio de 1844; se convoca a elecciones y sale elegido el General Ramón Castilla.